Zdanění náhrad je podle jeho odpůrců nestoudné a protiústavní s ohledem na smlouvy, které stát uzavřel s církvemi v souvislosti s majetkovým vypořádáním. Novela podle kritiků relativizuje princip právního státu, je hrubým zásahem do majetkových práv a do právního systému samotného. Komunistům podle jejich oponentů nejde o zdanění církví, ale o vyvolání pocitu, že si církve majetek nezaslouží a že jej dostaly moc. "Platit daň z ukradeného majetku je nehoráznost, to je bolševický přístup, který nemá obdoby," uvedla například místopředsedkyně Senátu Miluše Horská z klubu KDU-ČSL.
Novelu obhajoval pouze komunistický poslanec Stanislav Grospič hlavně údajným nadhodnocením finančních náhrad církvím. Poslanec také mimo jiné prohlásil, že "ustanovení (zákona) upravující smlouvy nemá žádný právní význam a tudíž smlouvy uzavřené podle zákona o majetkovém vyrovnání s církvemi nezakládají žádné právní účinky".
Stát by zdaněním mohl podle KSČM získat každoročně zpět zhruba 380 milionů korun z přibližně dvou miliard korun, které církvím na náhradách majetku ročně vyplácí. Podle senátora ČSSD a daňového poradce Pavla Štohla jsou ale náhrady zaúčtovány jako splátky pohledávek církví vůči státu a jako takové zdaněny být nemohou.
Horní komora novelu odmítla hlasy 64 ze 74 přítomných senátorů. Pro zamítnutí byli všichni zástupci frakcí Starostů, ODS, KDU-ČSL a Senátor 21. Podpořilo je osm sociálních demokratů včetně Milana Štěcha a také Miroslav Adámek z klubu ANO. Proti byli pouze Ladislav Václavec a Jiří Dušek z klubu ANO a Jaroslav Doubrava (Severočeši.cz). Sedm senátorů ČSSD a ANO se hlasování zdrželo.
Restituční zákon počítal s tím, že církve dostanou od státu nemovitý majetek v hodnotě zhruba 75 miliard korun. Za nemovitosti, které se podle zákona nevydávaly, mají církve během 30 let získat 59 miliard korun navyšovaných o inflaci. Náhrady jsou vypláceny od roku 2013. Zákon také znamená odluku státu a církví. Dosavadní příspěvky státu na jejich činnost se postupně sníží až na nulu v roce 2030.
