Prachař vedl ministerstvo dopravy krátce od ledna do listopadu 2014, ve funkci jej poté nahradil Dan Ťok. Zároveň byl členem hnutí ANO, z toho ovšem v roce 2016 odešel. „Nejde o žádný názorový střet, pouze jsem se rozhodl věnovat práci pro regiony ve svém oboru a v tomto případě myslím, že být bezpartijní, je férovější," tvrdil tehdy Prachař.
Prachař nakonec ve volbách do Poslanecké sněmovny PČR v roce 2017 kandidoval jako nestraník na kandidátce hnutí STAN v Olomouckém kraji, zvolen ovšem nebyl. V komunálních volbách v roce 2018 byl jako nestraník za hnutí STAN zvolen zastupitelem města Přerov, když vedl tamní kandidátku hnutí STAN.Teď Prachař promluvil o tom, jak to v hnutí ANO chodí. A především popsal práci Faltýnka. „Je to člověk, který jde bez skrupulí tvrdě za svým – a tím je přiživení jeho ega a pocitu obrovské moci, že má dlaň, kterou může sevřít a zase otevřít, a držet tak lidi v šachu,“ prozradil Deníku N.
Už v době, kdy byl ministr, prý Faltýnek chtěl mít přístup k maximu informací a mít možnost ovlivňovat chod resortu. „Byl to nepsaný faktický ministr dopravy a už i za mého působení se tak choval. Jeho cílem bylo mít své lidi v každé firmě spojené s dopravou, mít možnost je ovlivňovat, mít informace. A jeho spojkou mezi poslaneckým klubem a resortem byl Milan Feranec. Když jsem ho (Ferance) pak chtěl vyhodit, kopl jsem do obrovského vosího hnízda, narušil jsem celou strukturu, kterou si Faltýnek budoval,“ vysvětluje Prachař.
Domnívá se, že právě to je důvod, proč po pár měsících v rezortu dopravy skončil. „Tehdy ve 21 hodin večer za mnou přišel Faltýnek s tím, že se mnou chce řešit ministra. Já říkám, kterého, a on na to: Tebe! Ráno rezignuješ, jinak budeš odvolán, vyber si. A tak to skončilo,“ vzpomíná s odstupem několika let politik.
Prachař také tvrdí, že si místopředseda ANO vybudoval síť spolupracovníků – konfidentů, kteří mu pomáhali, protože mu něco dlužili. Právě přes ně údajně řídil resort dopravy. Šéfovi ANO Andreji Babišovi podle jeho slov Faltýnkovy aktivity nevadily – tedy alespoň do doby, než na ně bylo příliš vidět. Pak se do toho sám vložil. Prachař je přesvědčen, že Faltýnek na Ťoka uplatňoval svůj vliv. A to prý Ťokovi zřejmě vadilo natolik, že nakonec raději také sám odešel.
