Bezprostředně po Mnichovu vyvrcholily snahy slovenských politiků o autonomii, jež byla vyhlášena již 6. října takzvanou žilinskou dohodou a ústavně stvrzena na konci listopadu, kdy se název republiky změnil na Česko-Slovensko. Autonomii vedle Slovenské země (Slovenské krajiny) získala i Podkarpatská Rus. Šéfem slovenské vlády se stal Jozef Tiso, který po smrti Andreje Hlinky v roce 1938 stanul v čele jeho lidové strany. Ta se stala dominantní politickou silou a během podzimu zlikvidovala na Slovensku pluralitní stranický systém.

V únoru 1939 jednali slovenští ministři v čele s Tisem v Berlíně o finanční pomoci Slovensku, slib byl ale podmíněn rozbitím Česko-Slovenska. Druhá republika zanikla 14. března 1939 vyhlášením samostatného Slovenského státu, o den později přišla okupace zbytku Čech a Moravy a 16. března vydal Adolf Hitler výnos o zřízení protektorátu.

První, kdo museli opustit své domovy, byly obyvatelé českého pohraničí v důsledku mnichovské dohody z 29. září 1938. Mnichov znamenal pro neněmecké obyvatele, kteří se nechtěli stát druhořadými občany německé říše, nutnost urychleného opuštění majetku a přesídlení do českého vnitrozemí. Do konce roku 1938 pohraničí opustilo více než 114.500 Čechů, 11.500 německých antifašistů, 7000 Židů a přibližně tisíc osob jiných národností.

Po německé okupaci zbytku Česka v březnu 1939 plánovali nacisté postupnou germanizaci českého obyvatelstva, popřípadě přesídlení či likvidaci. Prvním krokem mělo být rozbití českého osídlení enklávami německých přistěhovalců (často z východní Evropy). Mezi prvními museli odejít lidé z okolí vojenských cvičišť v Brdech, u Milovic a u Vyškova, kde do května 1942 přišlo o domovy téměř 15.000 osob. Na Drahanské vrchovině na Moravě, kde chtěli okupanti vytvořit německý ostrůvek spojený se Sudetami na Prostějovsku a německými osadami na Vyškovsku, postihlo nucené vysídlení přes 5000 rodin z asi 30 vesnic.

Nucené stěhování v českých zemích osvobozením neskončilo. Po válce museli obnovené Československo i své majetky opustit téměř tři miliony Němců a desítky tisíc Maďarů.