Mnichovská dohoda, podepsaná v noci na 30. září 1938 představiteli Británie, Francie, Itálie a Německa, znamenala konec první republiky. Do země vstoupila německá vojska, Československo přišlo o velkou část území, armáda byla demobilizována. Na začátku října abdikoval prezident Edvard Beneš, kterého vystřídal právník Emil Hácha. Druhá republika byla podstatně menší než první. Vedle odstoupení pohraničních Sudet Německu přišlo Československo o velkou část jižního Slovenska, které na základě první vídeňské arbitráže odstoupilo Maďarsku.
Bezprostředně po Mnichovu vyvrcholily snahy slovenských politiků o autonomii, jež byla vyhlášena již 6. října takzvanou žilinskou dohodou a ústavně stvrzena na konci listopadu, kdy se název republiky změnil na Česko-Slovensko. Autonomii vedle Slovenské země (Slovenské krajiny) získala i Podkarpatská Rus. Šéfem slovenské vlády se stal Jozef Tiso, který po smrti Andreje Hlinky v roce 1938 stanul v čele jeho lidové strany. Ta se stala dominantní politickou silou a během podzimu zlikvidovala na Slovensku pluralitní stranický systém.
V únoru 1939 jednali slovenští ministři v čele s Tisem v Berlíně o finanční pomoci Slovensku, slib byl ale podmíněn rozbitím Česko-Slovenska. Druhá republika zanikla 14. března 1939 vyhlášením samostatného Slovenského státu, o den později přišla okupace zbytku Čech a Moravy a 16. března vydal Adolf Hitler výnos o zřízení protektorátu.
První, kdo museli opustit své domovy, byly obyvatelé českého pohraničí v důsledku mnichovské dohody z 29. září 1938. Mnichov znamenal pro neněmecké obyvatele, kteří se nechtěli stát druhořadými občany německé říše, nutnost urychleného opuštění majetku a přesídlení do českého vnitrozemí. Do konce roku 1938 pohraničí opustilo více než 114.500 Čechů, 11.500 německých antifašistů, 7000 Židů a přibližně tisíc osob jiných národností.
Po německé okupaci zbytku Česka v březnu 1939 plánovali nacisté postupnou germanizaci českého obyvatelstva, popřípadě přesídlení či likvidaci. Prvním krokem mělo být rozbití českého osídlení enklávami německých přistěhovalců (často z východní Evropy). Mezi prvními museli odejít lidé z okolí vojenských cvičišť v Brdech, u Milovic a u Vyškova, kde do května 1942 přišlo o domovy téměř 15.000 osob. Na Drahanské vrchovině na Moravě, kde chtěli okupanti vytvořit německý ostrůvek spojený se Sudetami na Prostějovsku a německými osadami na Vyškovsku, postihlo nucené vysídlení přes 5000 rodin z asi 30 vesnic.
Nucené stěhování v českých zemích osvobozením neskončilo. Po válce museli obnovené Československo i své majetky opustit téměř tři miliony Němců a desítky tisíc Maďarů.
Témata: Mnichovská dohoda
