Šaroch měl původně o návrhu policie na podání obžaloby rozhodnout do dneška, Babiš ale ve sněmovních volbách na začátku října znovu získal poslanecký mandát a tím i imunitu. Jeho stíhání je nyní přerušeno. Současné Sněmovně vyprší funkční období ve čtvrtek, v novém složení se poslanci poprvé sejdou 8. listopadu.
Poslance ani senátora nelze podle ústavy trestně stíhat bez souhlasu komory, jejímž je členem. Sněmovna už Babiše ke stíhání vydala dvakrát, nejprve v září 2017, následně v lednu 2018 v novém složení po sněmovních volbách, v nichž byl Babiš znovu zvolen. Babiš obhájil mandát i ve volbách na začátku října, jeho stíhání je tak nyní opět přerušeno.
Kromě Babiše je v případu kolem padesátimilionové dotace na výstavbu rekreačního a konferenčního areálu Čapí hnízdo obviněna i jeho někdejší poradkyně Jana Nagyová (dříve Mayerová). Policie je stíhá kvůli poškození finančních zájmů Evropské unie a z dotačního podvodu. Oba vinu dlouhodobě odmítají.
Policisté původně ukončili vyšetřování kauzy na konci května, Babiše i Nagyovou navrhli obžalovat. Šaroch na konci srpna rozhodl o tom, že jim případ vrátí k došetření. Učinil také zejména proto, aby vyšetřovatelé doplnili výslechy svědků. Až v polovině letošního září tak na policii v kauze vypovídal premiérův syn Andrej Babiš mladší, který byl v případu původně obviněn a jeho stíhání bylo později zastaveno. Novinářům po svém výslechu řekl, že z něj otec udělal takzvaného bílého koně a že nikdy nechtěl být součástí dotačního podvodu.
Vrchní státní zastupitelství, které ve věci vykonává dohled, v září po prověrce uvedlo, že Šaroch pochybil, když bezodkladně nereagoval na nové informace týkající se možného výslechu svědků. Vznikly tak průtahy v trestním řízení.
Policisté znovu navrhli oba obviněné obžalovat 20. září. Šéf Městského státního zastupitelství v Praze Martin Erazím následně uvedl, že o návrhu musí Šaroch rozhodnout do měsíce, tedy právě do středy. Zkrácení lhůty Erazím odůvodnil dosavadní délkou řízení a opakovaným zpracováním případu.
Server Seznam Zprávy v úterý uvedl, že Šaroch zadal soudnímu znalci ověřit, zda byl na smlouvě ke koupi akcií společnosti Farma Čapí hnízdo zfalšován podpis Andreje Babiše mladšího. Babiš mladší podle webu během zářijového výslechu zpochybnil, že jeho podpis na smlouvě k nabytí čtyř akcií Farmy Čapí hnízdo je autentický. Podle premiérova advokáta byla lhůta pro zpracování posudku stanovena na začátek listopadu.
Podstatou případu je to, že Čapí hnízdo původně patřilo Babišovu holdingu Agrofert, v prosinci 2007 se však přeměnilo na akciovou společnost s akciemi na majitele a později získalo padesátimilionovou evropskou dotaci v programu pro malé a střední podniky, na kterou by jako součást Agrofertu nemělo nárok. Akcie údajně vlastnily Babišovy děti a partnerka. Společnost se po několika letech pod Agrofert vrátila. Babiš holding v roce 2017 vložil do svých svěřenských fondů.
V kauze Čapí hnízdo bylo původně obviněno 11 lidí včetně členů Babišovy rodiny. Šaroch postupně zastavil stíhání všech obviněných. Bývalý nejvyšší státní zástupce Pavel Zeman však v prosinci 2019 po přezkumu obnovil stíhání Babiše a Nagyové. Zároveň potvrdil, že stíhání Babišových blízkých definitivně skončilo.
