Gay a lesbické skupiny kritizují BAMF poté, co se v médiích objevila zpráva, že agentura se ptala na intimní otázky týkající se sexuálních zážitků žadatelů o azyl, kteří prohlašovali, že jsou homosexuálové. Agentura se údajně jednoho žadatele o azyl z Pákistánu v listopadu 2016 ptala, kolikrát on a jeho partner měli sex a také na to, jaké to bylo, uvedl deník Süddeutsche Zeitung.
Markus Ulrich z německé Asociace lesbiček a gayů (Lesben- und Schwulenverband in Deutschland) kritizuje agenturu a říká, že se projevil „strukturální problém“, když se měla vypořádat z homosexuálními žadateli o azyl. Mnoho homosexuálů, kteří žádají o azyl, pocházejí ze zemí, jako je Uganda a další, kde je homosexualita nejen nezákonná, ale její „pachatelé“ tam mohou čelit trestu smrti.
Na druhé straně se ale agentura potýká s tím, že někteří žadatelé o azyl mohou o své homosexualitě lhát, aby zvýšili své šance na získání azylu v Německu. Ozývají se hlasy, které jsou znepokojeny také počtem muslimských azylantů, kteří konvertovali ke křesťanství, aby se vyhnuli deportaci zpět do svých domovských zemích, kde může být trestem za opuštění islámu smrt.
Politik Strany zelených a bojovník za nedávno schválené sňatky gayů Volker Beck řekl, že dochází k „nerespektování podmínek azylu“. Připravil prý dokonce soubor případů, které ukazují sporná rozhodnutí učiněná agenturou. Beck také vyvolal polemiku poté, co naznačil, že by bylo lepší, kdyby se Němci učili arabsky, aby pomohli nově příchozím přistěhovalcům při integraci do společnosti.
Někteří žadatelé o azyl, kteří tvrdili, že jsou homosexuální, byli BAMF odmítnuti. Je to případ také 20 ugandských žen, které žily v Mnichově. Podle Sary Schmitterové ze skupiny LETRA bojující za lesbičky, byly ženy odmítnuty, protože byly všechny vdané a se svými muži měly dokonce i děti. Tvrdily však, že byly provdány proti své vůli.
BAMF také měla problémy s násilím vůči homosexuálním žadatelům o azyl v azylových domech obývaných převážně muslimskými přistěhovalci. V některých městech proto bylo vytvořeno samostatné ubytování pro homosexuální a transsexuální migranty.
