V migrační krizi je Itálie společně s Řeckem nejvíce zatíženou evropskou zemí. EU proto před dvěma lety prosadila kvóty na počet uprchlíků, kteří by se mezi jednotlivé členské země měli rozdělit, aby se situace v Itálii a Řecku zlepšila. Česko kvóty odmítá, ale také další evropské státy převzaly jen malou část z uprchlíků, které by měly podle schváleného systému přijmout.
Česká vláda ale odmítá kritiku, že je Praha s ostatními státy EU v otázce migrace nesolidární. Sobotka opakovaně zdůraznil, že Česko pomáhá zlepšovat podmínky uprchlíků v zemích, odkud přicházejí, a zasazuje se i o ochranu vnější hranice unie.
Sobotka a Gentiloni budou jednat i o posílení společné obrany EU, kterou Česko dlouhodobě podporuje a zároveň zdůrazňuje, že se nesmí stát konkurencí Severoatlantické aliance. Zabývat se budou i možným budoucím rozšířením unie o státy západního Balkánu nebo mzdovou konvergencí v EU.
