Policie chce Babiše a místopředsedu hnutí ANO Faltýnka obvinit jako někdejší představitele skupiny Agrofert v souvislosti s padesátimilionovou dotací na stavbu farmy Čapí hnízdo. Oba poslanci tvrdí, že žádný trestný čin nespáchali.
Policie požádala o vydání Babiše s Faltýnkem v polovině srpna. Zemanův mluvčí Jiří Ovčáček bezprostředně na to reagoval vyjádřením, že prezident jmenuje premiérem vítěze voleb.
Zeman sám 24. srpna uvedl, že v něm policejní žádost o vydání Babiše s Faltýnkem vzbuzuje podezření o zneužití policie pro politické účely. Žádost označil za policejní provokaci a za podvod na voličích.
O tři dny později prezident odmítl, že by Babišovi v případě odsouzení dal milost. Při návštěvě Moravskoslezského kraje Zeman 7. září na dotaz novinářů, zda by jmenoval premiérem trestně stíhaného člověka, řekl, že Martin Půta se stal znovu hejtmanem Libereckého kraje i přes své trestní stíhání. Hejtman je podle Zemana něco jako premiér daného kraje. "A proč máme diskriminovat premiéra, a ne hejtmana?" uvedl tehdy.
