Loni během prázdnin štáb nefungoval. Vláda ho znovu aktivovala kvůli vývoji koronavirové epidemie 21. září. Babiš tehdy několik týdnů odmítal návrhy ČSSD a opozice na svolání štábu, názor změnil po výzvě Asociace krajů. Nyní se počty nově nakažených pohybují ve stejných číslech jako začátkem září, vzhledem k proočkovanosti populace a klesajícímu trendu počtu infikovaných neočekávají epidemiologové nyní další vlnu epidemie. Upozorňují ale na riziko nových mutací koronaviru.

Babiš tehdy názorový obrat zdůvodnil špatnou komunikací mezi ministerstvem zdravotnictví a kraji. Argumentoval i činností vládní rady pro zdravotní rizika, kterou zřídil a vede.

Ústřední krizový štáb byl v souvislosti s epidemií nového typu koronaviru ustanoven poprvé v polovině loňského března přes původní Babišův nesouhlas. Nouzový stav vláda kvůli epidemii vyhlásila 12. března, krizový štáb byl zřízen o tři dny později. Činnost ukončil k 11. červnu.

Původně kabinet změnil statut, aby štáb mohl místo Hamáčka vést tehdejší náměstek ministra zdravotnictví a pozdější ministr zdravotnictví Roman Prymula. Po dvou týdnech se vedení ujal Hamáček.