NKÚ kontroloval, jak ministerstvo dopravy a Správa železnic (SŽ) rozdělovaly od roku 2016 do poloviny roku 2021 státní i evropské peníze na rekonstrukce vybraných mimokoridorových železničních tratí. Podle NKÚ se v roce 2013 náklady na opravy 59 prioritních projektů odhadovaly na 226,5 miliardy korun. "Aktuálně už se však počítá s částkou 441 miliard Kč, tedy o 95 procent vyšší. Ve stanoveném termínu bylo splněno jen devět z 39 definovaných projektů, tedy ani ne čtvrtina," uvedla v tiskové zprávě mluvčí NKÚ Hana Kadečková.

Zpoždění se podle NKÚ týká i projektů transevropské dopravní sítě, což ohrožuje splnění cíle nařízení EU, podle kterého mají být tyto tratě zmodernizovány do roku 2030. Zpoždění mají například tratě Brno - Přerov a Praha - Kladno s připojením na pražské letiště. Oprava tratě z Brna do Přerova má být hotová v roce 2031, oproti původnímu plánu se šestiletým zpožděním. Modernizace železnice z Prahy do Kladna se posunula o čtyři roky a měla by skončit v roce 2029. Náklady nyní Správa železnic odhaduje na 42,7 miliardy korun bez DPH, což je ve srovnání s původními plány o 13,1 miliardy více. Důvodem je mimo jiné změna technického řešení ražených tunelů nebo vznik nových podchodů.

Proti kritice NKÚ se proto SŽ ohradila, neboť nepovažuje za relevantní porovnávat nynější celkové investiční náklady s odhadem z koncepčního materiálu z roku 2013. "Vzniká tak dojem neúměrného zvyšování nákladů během celého procesu projektové přípravy. Celkový rozsah projektů přitom vzešel až z konkrétního technického řešení a akcentoval aktuální náklady v daném období, které zohledňují reálný růst cen a další vlivy, jako je například inflace. Navíc se v řadě případů výrazně rozšířil rozsah stavebních úprav, které je nutné v konečném řešení provést," uvedla SŽ. Podle ní NKÚ porovnával neporovnatelné.