První školní den se na covid-19 museli preventivně otestovat žáci s výjimkou prvňáků. Ti mohli testy podstoupit až dnes. Vláda touto výjimkou chtěla školám umožnit, aby mohly bez komplikací zorganizovat slavnostní přivítání nejmladších školáků. Některé základní školy v Praze toho nicméně podle jejich ředitelů oslovených ČTK nevyužily a jejich prvňáci se testovali 1. září spolu s ostatními. Bylo tomu tak například ve školách v Praze 1 a Praze 3, které zřizuje radnice. ČTK to řekli mluvčí první a třetí městské části Martin Šebesta a Zuzana Křížková.

Žáci by se na základě rozhodnutí ministerstva zdravotnictví měli testovat na covid-19 celkem třikrát, kromě 1. září také 6. a 9. září. V případě, že žák test nepodstoupí, musí nosit roušku i během výuky a například v jídelně musí sedět odděleně od ostatních. Jako alternativa platí negativní test z jiného odběrového místa. Testovat se nemusí očkovaní žáci a ti, kteří prodělali covid-19 před méně než 180 dny. Stejná pravidla platí pro učitele a další zaměstnance školy.

Školy si metodu testování mohly vybrat. Některé školy využily antigenní testy, které zajistil stát, jiné průkaznější testy PCR. Ty si školy musely zajistit svépomocí, stát jim na ně nicméně zpětně přispěje 200 Kč na jeden test. Vláda na PCR testování vyčlenila 26 milionů korun z evropských peněz.

Děti, které podstoupí test nebo očkování na covid-19 a které nemoc prodělaly, nemusí při výuce nosit roušku nebo respirátor. Ochranu nosu a úst mohou tyto děti sejmout při sezení v lavicích ve třídě, naopak například na chodbách školy jsou rouška nebo respirátor nutné. Pokud žák testování odmítne a nemá jiné prokázání bezinfekčnosti, musí nosit ochranu dýchacích cest i při vyučování. Začátek školního roku doprovází i další hygienická opatření jako například častější používání dezinfekce nebo větrání v uzavřených prostorách.

Testování a další hygienická opatření proti covidu-19 mají podle vlády omezit šíření nákazy, aby se školy nemusely zavírat. Loni v září se epidemie prudce zhoršila, v říjnu tak byla ve školách povinně zavedená výuka na dálku. Z domu se žáci v minulém školním roce učili několik měsíců. Vládní i opoziční politici v uplynulých týdnech opakovali, že je potřeba opakování takové situace zabránit, a to kvůli vzdělávání i sociálnímu vývoji a psychice dětí.