Organizacím, které jsou označeny za nežádoucí, se také fakticky zakazuje působení v Rusku. Na černé listině nežádoucích organizací se dříve ocitly také například redakce investigativního projektu Bellingcat nebo ruských internetových magazínů Projekt a The Insider.
Už v roce 2021 ruské úřady Meduze značně ztížily práci, když ji označily za takzvaného zahraničního agenta, podotklo Rádio Svobodná Evropa/Rádio Svoboda. Redakce tehdy zůstala bez inzerentů, musela se vzdát svých kanceláří v Rize i Moskvě, snížit výdaje a omezit spolupráci s externími spolupracovníky. Média zařazená mezi zahraniční agenty musejí také doprovázet každé své sdělení patřičným upozorněním a podléhají přísnější úřední kontrole.
Od začátku ruské invaze na Ukrajinu je navíc přístup k webu Meduzy z Ruska blokován a její čtenáři musejí používat službu VPN nebo jiné nástroje, aby blokaci obešli.
Zařazení mezi nežádoucí organizace vysvětlila ruská generální prokuratura tím, že Meduza údajně představuje "hrozbu pro základy ústavního pořádku a bezpečnosti Ruska". To je podle Rádia Svobodná Evropa formulace, k níž se v podobných případech prokuratura hojně uchyluje.
Přidání Meduzy na seznam nežádoucích organizací v červenci veřejně požadoval zakladatel ruské soukromé vojenské Wagnerovy (v ruské přepisu Vagnerovy) společnosti Jevgenij Prigožin, připomněla agentura Reuters. Ve svém dopise zaslaném ruskému generálnímu prokurátorovi web kritizoval za způsob, jakým informuje o válce na Ukrajině.
