Pražský městský soud věc prezidentovi na základě žalob Fajta, Ošťádala a Univerzity Karlovy koncem dubna vrátil k dalšímu řízení. Upozornil na to, že žádný orgán výkonné moci nemůže po řádném řízení o jmenování profesorem sám znovu posuzovat, zda kandidát splňuje podmínky pro jmenování. Nepřípustně by tím totiž zasáhl do autonomie vysokých škol.
Nespala už ve čtvrtek uvedl, že prezident se proti rozsudku bude bránit, protože jde o zásadní právní otázku ohledně postavení hlavy státu a její suverenity. Zároveň zdůraznil, že nejde o nic osobního.
Fajtův a Ošťádalův jmenovací dekret Zeman nepodepsal na jaře 2015 ještě společně s dekretem politologa Jana Eichlera. Zdůvodnil to vážnými prohřešky akademiků z minulosti. V případě Fajta poukázal na jeho údajnou žádost, aby mu banka prostřednictvím sponzorského daru poskytla doplatek k platu ředitele Národní galerie. U Ošťádala kritizoval kontakty s komunistickou Státní bezpečností. Své rozhodnutí Zeman oznámil v lednu 2016 dopisem tehdejší ministryni školství.
Prezident v následném správním sporu argumentoval mimo jiné tím, že za výkon jeho pravomocí ho žádný jiný státní orgán nemůže volat k odpovědnosti. Soud však tento výklad ústavy vyvrátil. Zdůraznil, že prezident je při výkonu pravomocí vždy vázán ústavními i ostatními zákony a jeho postup lze přezkoumat právě z hlediska zákonnosti.
