Babiš čelil podezření, že jako politik v rozporu se zákonem o střetu zájmů stále ovládal média spadající pod holding Agrofert. Babiš to vždy odmítal, poukazoval na to, že holding převedl do svěřenských fondů. Středočeský krajský úřad dospěl k názoru, že přestupek se nestal a řízení pravomocně zastavil.

NSZ pak zvažovalo možnost podat správní žalobu ve veřejném zájmu. Nakonec ale tehdejší šéf žalobců Pavel Zeman neshledal závažný veřejný zájem, žalobu proto nepodal, což oznámil v červenci 2020.

V listopadu 2020 podal Babiš ke Krajskému soudu v Brně žalobu proti údajnému nezákonnému zásahu, který spatřoval v odepření možnosti nahlédnout do spisů NSZ. Žalobcem byl tedy tehdejší premiér, žalovanou stranou vrcholný článek soustavy státního zastupitelství.

Krajský soud žalobu odmítl jako nepřípustnou kvůli nenaplnění podmínky subsidiarity, tedy v podstatě kvůli tomu, že Babiš nevyčerpal jiné prostředky obrany.

NSS dnes sice vyhověl Babišově kasační stížnosti, ale jen proto, aby žalobu sám odmítl z obecněji platného důvodu. "NSS dospěl k závěru, že žaloba nemohla být věcně projednána, a to pro nedostatek podmínky řízení spočívající v nedostatku pravomoci soudů ve správním soudnictví," stojí v rozhodnutí. Justice se tedy vůbec neměla žalobou zabývat.

Babišův potenciální střet zájmů opakovaně řešil městský úřad v Černošicích, který je úřadem s rozšířenou působností pro Průhonice, v nichž premiér žije. V roce 2019 uložil Babišovi pokutu 200.000 korun. Středočeský krajský úřad jako odvolací orgán však řízení zastavil, střet zájmů se podle něj neprokázal. Hejtmankou Středočeského kraje tehdy byla Jaroslava Pokorná Jermanová (ANO).

Později se Transparency International na černošický úřad obrátila znovu s tím, že má nové důkazy. Černošice proto zahájily nové přestupkové řízení a úřad uložil pokutu 250.000 korun. Středočeský kraj ale pokutu znovu zrušil s odůvodněním, že ve stejné věci už jednou pravomocné rozhodnutí padlo a znovu stejný přestupek řešit nelze.